とある小さな運送業者の社員であるキャプテンオリマーは物資の輸送中に突如接近してきた隕石と衝突、未知の惑星へと墜落するという不運を蒙った。
彼の愛用機【ドルフィン号】は文字通り大破した。絶望の最中、彼はある【希望】を見つけた。そう、それがピクミンだ。
彼はそのピクミンたちの存在に最初は戸惑いを覚えたが、敵意はないと判断してともに行動しようと決めた。
そして、間もなくロケットには必要不可欠な「メインエンジン」を発見し、彼らに力を貸してもらい、回収した。
それからオリマーはピクミンの生態を調べながら、彼らと協力して迫り来る敵を払いのけて無事にアイテムを全て回収し、名残惜しさを感じるものの、彼らに別れを告げ、無事に母星であるホコタテ星へと帰還した。
これが半世紀以上前に起きたホコタテ星人の未来を変えた出来事だ。
時は星暦２６６８年。あの未知の惑星は「ガイア」と名づけられ、この半世紀で数え切れないほどの調査隊が向かい惑星のたいはんは調査された。
また、「希望の森」と言われた場所にはホコタテ星人が初めて別の惑星に作った都市があり各地には調査隊、いざというときの特殊防衛隊の基地がある。更に安全が確保された地域では一般人でも行くことの出来るツアーもある。
こうした目まぐるしいガイアでの発展はホコタテ運送に莫大な富を与え、今では星一番の巨大企業となった。
また、ガイアに生息する原住生物たちは特別飼育園と呼ばれるいわば動物園でいつでも見ることが出来るようになり、身近なものとなった。
そんな中、ある若い運送業者の社員がガイアへ降り立った。
彼の名は「コスモ」。なんと祖父はあのオリマーだ。
彼はわくわくしながらこの星を観光旅行気分で探索することになる。だが、街からはずれ人が誰も居ない荒野にでるとおかしな雰囲気の山を見つける。そこでみたものは・・・・
これを皮切りに彼はホコタテ星人が裏で行っていた悪行を次々と目にする。そして、遂に各地で弾圧されていた原住生物が咆哮をあげホコタテ星人に牙を剥いていった。
そのとき彼がすることとは、ホコタテ星人と原住生物の全面衝突のさなかピクミンが起こす行動とは、この星の運命は
今、星を越え、種族を越え、命を懸けた生存競争が始まる・・・