ホコタテ運送。それは、宇宙一大変な運送会社である。そんな会社の社員である、キャプテン・オリマーは、休暇旅中に未知の惑星に不時着。しかし、そこで出会ったピクミンと言う生き物の力を借り、愛船ドルフィン号を完成させ、見事に脱出した。やっとのことで、故郷のホコタテ星に戻ってきたが、会社は新人社員のルーイの失態により、大破産。やっとのことで完成させた、ドルフィン号とお土産で持ってきた、謎の尖っている円盤を売り、借金は１００００ポコになったが、こんな大金とても返せない。そこでお宝
が眠るあの星に再び向かう事になったオリマーとルーイは、またもやピクミンの力を借り、借金を返済、ルーイを救出した。
あれから１年後、普通の運送業に戻っていたが、不意にオリマーはあの星に行ってみたくなった
社長に頼み込みやっとのことで、休暇が取れた。
「仕方ないのぅ。好奇心旺盛のオリマー君に免じて滞在期限は、無期限とする」
そんなように告げられオリマーは驚嘆した、もしかして飽きるまでなのではないか、と思い飽きないように旅をすることを心の奥に誓った
（出発の日、私は買いなおしたドルフィン号に乗り込み、あの星へ出発しようとしていた。期限は無期限なので生命維持装置は、これでもかと言うほど積み込んだ。はたしてピクミンは元気にしているのだろうか？それとも、もう居なくなっているのだろうか）
いろいろなことを考えながらオリマーは出発して行った。