ガイア特別防衛省とはガイアにおける治安維持、防衛、救助活動を一挙に引き入れている巨大な行政機関。設立は２６１５年。
防衛省、警視庁、消防庁の活動を全て行っているだけありガイア特別防衛省の権力は他の行政機関より高く大臣ともなればガイアにおける最高責任者といっても過言ではない。
また、原住生物の捕獲、研究も独自で密かに行っており各主要都市には直属の本部と称す研究所がある。
だがそのせいもあってか「捕獲した原住生物をどうしているのか」「急激な領地拡大は生態系維持法を害しているのではないか」といった指摘が多く、常に専門家、批評家との火種は尽きない。
２６６８年現在の大臣はグスタフ・オルガ。