とある宇宙、赤と青の身体を持ち、銀色のプロテクターに頭に２本のブーメラン、「ウルトラセブン」に似た姿を持つ巨人「ウルトラマンゼロ」は宇宙空間にたたずんでいた。
「誰だ? 俺を呼ぶ声は?」
ゼロは何者かの声に導かれ、今この場所に来ている。
「地球? 親父達が守った世界とは別の? なにかよく分かんねえが、行ってみるか、その地球に!」
ゼロが腕につけていた銀色のブレスレット、「ウルティメイトブレスレット」が光輝き、ゼロの身体に銀色の鎧が装備され、ゼロは「ウルティメイトゼロ」となる。
「次元を超えて行くぜ!!」
ウルティメイトゼロは装着した鎧「ウルティメイトイージス」の次元を超える力を使い、何者かに教えられた地球へと向かう。
「シュア!!」
＊
ゼロがいた宇宙とは違う別の宇宙、怪獣と人間が共存する惑星、「惑星ジュラン」では……。
かつてコスモスと同化して地球や怪獣達……「カオスヘッダー」と呼ばれる者も守った青年「春歌（はるか）ムサシ」が怪獣の１体、「友好鳥獣リドリアス」と触れ合っていた。
「リドリアス!」
「クエ〜♪」
ムサシは紐で通した青い石を回すと変わった音が鳴り、それを聞くとリドリアスは嬉しそうに鳴き声をあげる。
「クエェ〜♪」
その時、ムサシの耳に誰かの声が聞こえた。
「えっ? 別の地球……?」
そこに青い光がムサシの前に現れ、その中から青い光の巨人「ウルトラマンコスモス・ルナモード」が現れた。
「コスモス!」
嬉しそうにコスモスの名を言うムサシ。
『ムサシ、君の力を貸して欲しい……』
「僕の?」
コスモスによれば最近、色んな次元で怪獣達が行方不明となり、コスモスは別の次元から聞こえた声を聞き、その次元に行かないといけない気がした。
しかし、次元を超えるにはムサシと同化していないとなれない姿、「エクリプススモード」の力が必要。
エプリクスモードの力があれば、かつて共に戦った「ウルトラマンジャスティス」の力も借りて別次元へと行くことが出来るそうだ。
『すまないムサシ、私に……力を貸してくれ』
「もちろんですよ、コスモス!」
＊
かつて「ウルトラマンダイナ」「飛翔アスカ」が守り抜いたこの世界……。
アスカがこの世界を守り抜いて半年。
ノイズの襲撃は止む所を知らない、そしてノイズと戦うアスカを支えてくれた2人の少女は今も戦い続ける。
「風鳴翼（かざなりつばさ）」と「天羽奏（あもうかなで）」は今も戦い続ける。
彼が守ってくれたこの世界を……。
かつてこの地球を飲み込もうとした「グランスフィア」は滅びた、しかし……。
ノイズに対抗する「特異災害対策起動部二課」の指令室ではスフィアの生き残りが地上で暴れまわるという事件が発生した。
「そんな……あいつ等が生き残ってたなんて……、だとしたらアスカは何のために!」
何のためにこの世界からいなくなってしまった、そう思った翼だが奏は翼の頭に軽くチョップを落とす。
「バーカ、だからあいつが守ったこの世界を滅ぼさせない為に、あたし達が戦うんだろ!!」
「スフィア相手ならば俺も戦おう」
人間離れした戦闘力を誇るここの指令で翼の叔父「風鳴弦十郎（かざなりげんじゅうろう）」も出撃しようとする。
そこに翼の肩に可愛らしい生物「ハネジロー」が乗る。
「パムッ!」
「ハネジロー、大丈夫だよ、私は帰ってくるから!」
翼はハネジローに微笑み、弦十郎、翼、奏は地上に出てスフィアの生き残りと戦い合う。
住民の避難は完了し、翼と奏は「シンフォギア」と呼ばれる「聖遺物」から作られた鎧を纏い、スフィアを弦十郎と共に次々撃ち落として行く。
だが、突然地中から「超合成獣ネオダランビア」が現れ、翼達に襲い掛かってくる。
「なっ!?」
「ネオダランビア!!」
ネオダランビアは翼達に突撃して来るが、目の前に一筋の光が現れ、そこから青と赤の巨人が現れる。
「アス……カ……?」
翼は一瞬アスカが変身する「ウルトラマンダイナ」かと思ったが……よく見ればダイナには無い頭にある2本のブーメランのようなもの、銀色のプロテクター、そして身体の模様も違う為別の巨人であることが分かり、「ウルトラマンゼロ」は翼達の前へと現れた。
ゼロは指で鼻を弾くような仕草をし、ファイティングポーズをとる。
「お前の相手は……この俺だ!!」
「ダイナじゃない、ウルトラマン……」
ネオダランビアが腕を伸ばしてゼロに攻撃して来るが、ゼロは余裕の態度でネオダランビアの腕を掴んでスイングして投げ飛ばす。
「デヤアアア!!」
「グオオオオ!!?」
そのまま倒れこんだネオダランビアに跳び蹴りを繰り出すがネオダランビアは亜空間バリアを張ってゼロを弾き飛ばす。
「うおっ!? バリアか、だが見た所……」
ネオダランビアはゼロに向かって飛びかかってくるがゼロはしゃがみ込んでかわし、自分の頭上を飛び越えようとするネオダランビアの腹部に強烈なパンチを叩きこんだ。
「下には張れないようだな!!」
「ギャオオオオ!!?」
殴り飛ばされたネオダランビアに向かい、左腕を左横に伸ばして腕をＬ字に組んで放つ光線「ワイドゼロショット」がネオダランビアに放たれ、バリアの張れない腹部に直撃を受けたネオダランビアは空中で爆発した。
「ハッ、シュア!!」
「グオオオオオ!!!?」
ゼロはネオダランビアを撃破し、生き残りであるスフィア達とも戦い合う。
そしてこの地球に3人の勇者が集うことになる……。
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実はゼロ、間違えてシンフォギアの過去の世界に来てしまったという……。