ホコタテ運送の危機から数年・・・ホコタテ星は大都市になっていた。
オリマーはピクミンたちにホコタテ星で感謝のパーティをしようとピクミンたちを招待しようとよんだ。これが全ての始まりだった・・・。
ピクミンたちがいなくなったことで生態系が崩れたのだ。そしてチャｯピーはそのなかでも異常の進化をとげた。人なみの肉体と人以上の知能を手に入れたのであった。チャｯピーは科学技術をあげ星を支配した。
オリマー達は旅行気分で新しく買ったドルフィン号で星に社長とルーイと旅立った。しかし星におりたとたん目の前に謎の生物がいたその生物はわれわれと言葉がかわせた。
オ「君達はいったい・・・」
チャ「我々はチャｯピー。この星の支配者だ。」
オ「なに!支配者!しかし・・・」
チャ「君達はホコタテ星の者だね。ぜひホコタテ星の事が聞きたい。」
オ「なぜだ!」
チャ「なんでもいいだろう!さあ聞かせてくれ!」
オリマーはきずいてたチャｯピー達はホコタテ星を支配しようとしてるのを
オ「いやそれはむりだな。」
チャ「しかたないなら・・・連れてけ!」
オ「な、なにをする!」
チャ「安心しろピクミンはかわいがってやるよ。」
こうしてオリマーたちはつかまってしまった。これからどうなるのか・・・