私は、キャプテン・オリマー。
以前、私の愛機「ドルフィン号」で休暇旅行に出かけたが、未知の惑星に墜落してしまった。
そこで出会った、なぞの生物「ピクミン」の力をかり、やっとのことで脱出した、その私を待っていたのは私が勤めている、ホコタテ運送の大ピンチだった。
新入社員のルーイ君が初仕事の途中、宇宙ウサギという宇宙生物に襲われ
積み荷のゴールデンピクピクにんじんを、全部食べられてしまったらしい。
その弁償代は、「10100ポコ」という驚きの額だった。
だが、子供のお土産に持ってきたガラクタに、「100ポコ」という価値があったと聞いて社長はもう一度星へ行ってお宝を集めて来いと言った。
そして、社長が昔使っていた、「ドルフィン初号機」で、あの星へ向かった。
未知の星でのお宝探しで、新しい発見はあった。
紫ピクミン、白ピクミンこの2色の「ポンガジクサ」から生まれるピクミンのこと。地下洞窟というもの、いろいろな発見があった。
借金を返済し、ホコタテ星に戻ったと思うと、今度は何とルーイ君が、ピクミンの星に置き去りになってしまっていた。
社長は、ルーイ君を探すと同時に、あの星のお宝をすべて集めようと言い出した。
私はルーイ君を探そうと、もう一度星に戻った。
お宝をすべて集め、ルーイ君を、ものすごい原住生物から救い出しホコタテ星に戻った。
私たちは、いつも通りの平凡な毎日を送っていた…。